中國轉化醫學大科學設施ASTRA平台躋身全球IO500榜單前十

中新網上海11月23日電 (記者 陳靜)記者23日獲悉,國際超級計算大會SC21正式公布全球最新IO500榜單。上海交通大學醫學院附屬瑞金醫院轉化醫學大科學設施建設的大數據平台ASTRA躋身前十,位列第八。

據悉,目前AI和大數據正在各行各業滲透,算力和存儲性能是評價超算平台的重要指標。轉化醫學大科學設施研究員呂綱23日接受中新網記者採訪時表示,ASTRA平台從存儲性能上打破了生信行業的天花板,隨著高性能計算技術與醫學研究的融合,高效的存儲技術會對未來生信分析和AI技術在臨床的應用帶來重要的推動作用。

ASTRA平台隸屬於轉化醫學國家重大科技基礎設施(上海)生信大數據平台。轉化醫學國家重大科技基礎設施(上海)是「十二五」期間國家重點規劃的16項重大科技基礎設施之一,是中國在生物醫藥領域的國家級大設施。上海交通大學和上海交通大學醫學院附屬瑞金醫院為大設施兩大建設主體。

IO500是高性能計算領域針對存儲性能評測的全球排行榜,是高性能計算領域最權威的榜單之一。轉化醫學大科學設施是首次參評的醫療機構,該平台由瑞金醫院和intel工程師一起經過近半年的準備和技術反覆優化,最終提交評測。

生物標記物和新葯研發平台是轉化醫學國家重大科技基礎設施技術支撐系統的重要組成之一,目標是建立致力於提供系統鑒定用於疾病早期診斷、預防、分子分型和指導個體化治療的生物標記物的平台,並圍繞臨床實踐建立系統篩選與驗證干預疾病的藥物靶點及研發新型靶向治療方法的平台,為新型疾病診療研發開闢一條快捷的新途徑。

據介紹,在轉化醫學的背景下,生信大數據平台採取了定製化的高性能計算平台技術思路,為生信計算的「存」「傳」「算」「用」四個方面(即:數據存儲、數據傳輸、數據分析計算和數據的整合應用)量身定製相關技術。

採訪中,記者了解到,5月20日,《自然》雜誌在線發表了一篇來自上海市公共衛生臨床中心與轉化醫學國家重大科技基礎設施(上海)以及瑞金醫院等單位合作研究的題為《與新冠臨床結果相關的病毒和宿主因素》的論文。該論文揭示了新型冠狀病毒性肺炎的分子流行病學和臨床表現特徵,尤其是發現了向重症轉化的關鍵預警因子。從1月27日收到第一例測序樣本,到完成基因組組裝和臨床數據分析、向國際資料庫遞交了112個病例的SARS-CoV-2基因組高質量序列數據以及文章撰寫提交等過程只用了短短45天時間。2020年1月剛剛上線ASTRA平台提供了強勁的算力和存儲支撐,功不可沒。

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