中國團隊發布「抗癌明星」紅豆杉的世界首個參考基因組

原標題:中國團隊發布「抗癌明星」紅豆杉的世界首個參考基因組

天然「抗癌明星」紫杉醇及其原料來源一級珍稀瀕危保護植物紅豆杉的研究獲重大突破。澎湃新聞(www.thepaper.cn)記者從中國農業科學院基因組所獲悉,近日,湖南農業大學和中國農業科學院農業基因組研究所等單位共同在預印平台bioRxiv在線發表了題為「The Taxus genome providesinsights into paclitaxel biosynthesis」的研究論文。

中國農業科學院農業基因組研究所熊興耀研究員、苟君波博士后、廖慶剛助研和湖南農業大學李炎林副教授為該論文的共同第一作者。中國農業科學院農業基因組研究所閆建斌研究員和黃三文研究員為該論文的共同通訊作者。
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研究團隊表示,研究所篩選鑒定的候選基因為紫杉醇合成生物學研究提供了豐富的遺傳資源和靶標,將加快紫杉醇異源合成底盤的設計和開發,並有力推動我國紫杉醇生物合成與調控研究以及產業的進一步發展。

紫杉醇是世界知名的抗癌藥物,被廣泛應用於多種癌症的臨床治療。其生產原料主要來源於植物中的「大熊貓」——紅豆杉。紅豆杉在我國被定為一級珍稀瀕危保護植物,還被全世界42個有紅豆杉的國家稱為「國寶」。值得注意的是,儘管在抗癌界知名,但私自吃紅豆杉或者泡酒喝等做法容易引發中毒。

中國農科院基因組所研究團隊通過對南方紅豆杉(Taxuschinensis var. mairei)單倍型胚乳材料全基因組測序,成功組裝了染色體級別的高質量參考基因組。據介紹,南方紅豆杉基因組大小為10.23 Gb,Contig N50為2.44 Mb,其中9.86 Gb的組裝數據被掛載到了紅豆杉基因組的12條染色體上。

研究顯示,該紅豆杉基因組經歷了一次古代的全基因複製事件,並且其基因組中的重複序列經歷了長期而連續的插入過程。在漫長的進化過程中,紅豆杉不僅形成了獨特的Gypsy和Copia轉座子家族,而且進化出獨有的紫杉醇生物合成相關基因家族。

該研究系統分析了紫杉醇合成相關基因的基因組定位與協同表達調控,繪製了多個相關基因家族的基因組位置圖譜,特別揭示了細胞色素P450家族的基因組分佈和調控規律。

該研究還首次發現了紫杉醇合成基因在紅豆杉9號染色體上的聚集分佈現象,並在其中鑒定了首個紫杉醇生物合成基因簇,由六個基因串聯組成,主要負責催化紫杉醇生物合成的前兩步。 
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研究團隊稱,該研究是紅豆杉和紫杉醇研究領域的重大突破,將深化人類對於紫杉醇生物合成途徑及其遺傳基礎的理解,有助於解答裸子植物基因組進化領域的關鍵科學問題。

該研究得到了國家重點研發計劃、中國農業基本科研業務專項、中國農科院青年英才計劃和中國農科院創新工程、湖南省教育廳科學研究基金、湖南農業大學「雙一流」建設等項目的資助。

論文鏈接:https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2021.04.29.441981v1

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